Diese Wurzeln enthalten eine unverdauliche Zuckerart, was bedeutet, dass die Wurzeln zwar süß schmecken, aber nur wenige Kalorien haben. Anders gesagt, der spezielle Zucker der Yacon-Wurzel beeinflusst nicht den Blutzuckerspiegel und ist daher auch besonders gut für Diabetiker und zur Gewichtskontrolle geeignet.

Der unverdaute Teil der Yacon-Wurzel dient als Nahrung für "freundliche" Bakterien wie Bifidobakterien und Lactobazillus im Dickdarm. Klinische Studien haben gezeigt, dass die Verabreichung von FOS die Anzahl dieser freundlichen Bakterien im Dickdarm erhöht und im Gegenzug die Anzahl der schädlichen Bakterien verringert.